Главное в музее – это коллекции. Наши сотрудники годами собирают, копят и хранят коллекции, из которых строят экспозиции, выставки и не только. Коллекции бывают разные. Научные коллекции вам не покажут, если вы не специалист, да и вряд ли вас заинтересуют ряды одинаковых на вид жуков или бабочек. Эти коллекции хранятся в хранилище и не выставляются; они служат для научных исследований. Такие коллекции могут содержать очень редкие ценные для науки виды. Справочные коллекции существуют для того, чтобы вы могли, сравнив с ними пойманный вами экземпляр, определить, к какому виду он принадлежит. Учебные коллекции полезны для обучающихся науке зоологии и экологии; они могут быть посвящены различным темам и разделам этой науки. Существует множество публикаций, посвященных фаунам различных регионов; основой для таких публикаций служат научные коллекции.

Коллекции животных расположены в двух залах нашего музея. В первом, малом, зале отображена фауна Дагестана. Во втором, большом, зале, - фауна мира.